Ich weiß, dass alles, was ich suche, hier ist, Filme schauen, Serien schauen, Bildung, Spiele, Prüfungen, Nachrichten, aktuelle Ereignisse und vieles mehr.
„Schreibt Bugreports! – rupture de caténaire“ Alle Software – sofern nicht sehr klein oder sehr lange gepflegt (Jargon: “gut abgehangen”) – enthält Fehler. Immer. Wissenschaftliche Software insbesondere, denn sie ist oft komplex, leider zu oft von Leuten entwickelt, die wenig Ahnung von Softwareentwicklung haben (was zusätzliche Fehlerquellen einführt) und nicht zuletzt wird sie häufig als…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (10) – Noch einmal EXCEL in der Bioinformatik – rupture de caténaire“ Puh, ich weiß, über Excel in der Bioinformatik gab es hier schon einen Beitrag in dieser Serie. Und zuvor auch schon mal in anderem Kontext. Und jetzt, nach einer kleinen Blogpause, noch ein Artikel? Ja, denn im Laborjournal, einer Zeitschrift,…
„Workflowsysteme – rupture de caténaire“ Endlich geht es in der der kleinen Serie (1. Teil, 2. Teil) zu schauen, was zu wirklich nachhaltiger Data Science und damit auch Bioinformatik gehört – und warum das so ist. Zunächst aber: Was haben wir vor Augen haben, wenn wir wissenschaftliche Nachhaltigkeit so richtig weit fassen? Wir können Ziele…
„Pipelines (2) – rupture de caténaire“ Pipeline oder nicht Pipeline? Im ersten Teil ging es darum zu charakterisieren was eine Pipeline in der Bioinformatik ist. Hoffentlich wurde klar, dass die Weise wie manche Datenanlyse Pipeline umgesetzt wird, extrem verschwenderisch sein kann. Wer erst einmal soweit ist zu erkennen, dass eine gegebene Pipeline heterogene Ressourcenanforderungen hat…
„Pipelines (1) – rupture de caténaire“ Was eine Pipeline ist, weiß jeder … In der Bioinformatik ist mit einer Pipeline die Folge von Programmen gemeint, die eine bestimmte Analyse mit mehreren Schritten ermöglichen. Hierbei kann die Pipeline, ganz analog einer “echten” auch verzweigt sein. Sprich: Pipelines entsprechen in Ihrer Abfolge von aufgerufenen Programmen stets gerichteten…
„Bioinformatische online Tools – ein Ärgernis – rupture de caténaire“ Wissenschaft ohne Internet ist kaum mehr denkbar – egal um welche Disziplin es geht. Dafür wurde es auch (u.a.) erfunden: Literaturdatenbanken, Sequenzdatenbanken, Genomdatenbanken, Ligandendatenbanken, sie alle nur Beispiele aus der Bio- bzw. Cheminformatik und sie sind selbstverständlich über einen Browser zugänglich. Gut gepflegte Datenbanken kennen…
„Pain with PAINS – rupture de caténaire“ Die Suche nach neuen Wirkstoffen gegen Krankheiten ist eine langwierige, mühsame und teure Angelegenheit. Innovationen gibt es, aber längst nicht in so schneller Folge wie noch vor einigen Jahrzehnten – jedenfalls wenn die moderne Biotechnologie außer Acht gelassen wird und man den Blick auf Wirkstoffe im Sinne einzelner…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (9) – runs-on-my-system Software und schwer installierbare Software – rupture de caténaire“ Ihr ahnt nicht, was es so gibt in der schönen Welt des wissenschaftlichen Rechnens. Viele Programmierer werfen ihren Nutzern einfach so ihre Software vor die Füsse und kümmern sich danach einfach nicht mehr darum. Schließlich funktioniert die fragliche Software ja….
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (8) – Der Trend zum Jupyter-Notebook – rupture de caténaire“ Wie ich schon vor ein paar Tagen schrieb: Ich unterrichte WissenschaftlerInnen aus nicht-IT-affinen Wissenschaften in Programmierung mit C++ und Python (und shell-Programmierung, etc.). Und das macht Spaß, ich hoffe sehr darauf, dass ich im Spätsommer oder Herbst die Kurse wieder in einem…
„Gegen Missstände in der Wissenschaft anschreiben – rupture de caténaire“ Wissenschaft ist großartig! Allein im letzten Jahr haben wir nicht nur den Ausbruch einer Pandemie erlebt, sondern auch die Entwicklung mehrerer Impfstoffe gegen das auslösende Virus! Und dabei haben eine ganze Reihe von Fragen im Vorfeld gelöst werden müssen: Der genetische Code musste entschlüsselt, die…