Ich weiß, dass alles, was ich suche, hier ist, Filme schauen, Serien schauen, Bildung, Spiele, Prüfungen, Nachrichten, aktuelle Ereignisse und vieles mehr.
„Software in der Bioinformatik (6) – Publikationsmurks (ein Vergleich) – rupture de caténaire“ Vor einer Weile habe ich ja bereits auf dem Journal BMC Bioinformatics herumgehackt. Jetzt wollte ich es genauer wissen und habe gleich drei Journals unter die Lupe genommen: Eigentlich wollte ich mal einen wirklich systematischen Vergleich erreichen, vielleicht auch im Rahmen einer…
„Kommentar zu “Ten simple rules for providing effective bioinformatics research support” – rupture de caténaire“ Dies ist ja der zweite “Ten simple rules”-Artikel, den ich kommentieren möchte. Geschrieben ist er von einer Gruppe von Leuten aus unterschiedlichen Orten geschrieben, die Eines eint: Sie arbeiten in Bioinformatik Service Projekten oder sogenannten “Core Facilities”. Und somit besteht…
„Kommentar zu “Ten simple rules for biologists initiating a collaboration with computer scientists” – rupture de caténaire“ Lange schon finde ich die Reihe “Ten simple rules for …” des Journals “PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY” amüsant. Ich lese sie gerne und ab und an gibt es Anregung zum Nachdenken – keineswegs sollte man annehmen, dass mit zehn…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskriste (6) – fehlende Planung – rupture de caténaire“ Arbeitsgruppen lernen nicht. Einzelne Mitglieder vielleicht, aber Arbeitsgruppen haben Arbeitsweisen von denen sie sich schwer, wenn überhaupt, abbringen lassen. Das ist mein Résumé aus bislang 7 Jahren als universitärer Berater für wissenschaftliches Rechnen in den Lebenswissenschaften. Das ist zwar “nur” eine persönliche Erfahrung, aber…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise — Miese Workflowbeschreibung (6) – rupture de caténaire“ Ganz zu Anfang des Blogs hatte ich ja schon einmal angedeutet, dass ich einen Zusammenhang sehe zwischen schlechter Software und mangelnder Reproduzierbarkeit von wissenschaftlichen Aussagen. Das es um die Entwicklung von wissenschaftlicher Software, gerade in der Bioinformatik, nicht gut bestellt ist, habe ich ebenfalls…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (5) – alternde Software – rupture de caténaire“ Kurz nach Start des Blogs erschien in Nature der Aufruf zur “Ten Years Reproducibility Challenge”. Ich habe darüber berichtet und auch zugegeben, dass bei eigener Software nicht immer gut um die Frage nach der Lauffähigkeit nach langer Zeit bestellt ist. Inzwischen gibt es bereits…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (4) – HARKing – rupture de caténaire“ In meiner Sommerpause schrieb mir ein lieber Kollege, dass ihm zu “Klicken bis die Kurve stimmt” noch HARKing (Hypothesizing After the Results are Known)[Kerr, 1998] einfiele. Den Begriff hatte ich zwar schon ab und an gehört, schließlich habe ich PostDoc-Zeit unter Statistikern verbracht, aber habe…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (3) – Fehlende Daten?!!! – rupture de caténaire“ Vor einer Weile hat ein Editor einer wissenschaftlichen Zeitschrift beschrieben was ihn umtreibt[Miyakawa, 2020]. Er hat eine besorgniserregende Beobachtung getätigt und – ganz guter Wissenschaftler – die Probe aufs Exempel gemacht, also Daten erhoben und beschrieben: Bei 41 zur Veröffentlichung eingereichten Artikeln war sein…
„Software in der Bioinformatik (5) – UAP – rupture de caténaire“ UAP – die “Universal Analysis Pipeline” wurde bereits im letzten Jahr als “Pipeline”-Lösung für Bioinformatik-workflows publiziert[Kämpf et al., 2019]. Für diesen Artikel ist wichtig zu verstehen, dass genomorientierte Bioinformatik (wie auch nahezu alle komplexe Datenanalytik) nahezu jederzeit bedeutet eine Analyse in eine Vielzahl von…
„Zutaten zur Reproduzierbarkeitskrise (1) – Der Einfluss von Excel auf die Bioinformatik – rupture de caténaire“ Die IT-affinen unter Euch wissen, was git ist. Für alle Anderen gaanz kurz: Es ist ein Versionsverwaltungssystem, mit dem Änderungen in Texten nachvollzogen werden könne. Man kann einen alten Zustand eines oder mehrerer Text wiederherstellen. Man kann einen Zustand…